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分子動(dòng)力學(xué)模擬在制藥行業(yè)的應(yīng)用

來源：時(shí)間：2024-06-27 11:08:38 瀏覽：4043次

引言

制藥行業(yè)致力于開發(fā)新藥物以治療各種疾病。分子動(dòng)力學(xué)模擬作為一種強(qiáng)大的計(jì)算工具，能夠在原子層面上模擬藥物分子的行為，為藥物設(shè)計(jì)、篩選和優(yōu)化提供了重要的理論支持。

分子動(dòng)力學(xué)模擬的核心價(jià)值

分子動(dòng)力學(xué)模擬通過模擬藥物分子與靶標(biāo)蛋白的相互作用，預(yù)測藥物的結(jié)合親和力、穩(wěn)定性和動(dòng)力學(xué)特性，從而加速新藥的發(fā)現(xiàn)和開發(fā)過程。

應(yīng)用領(lǐng)域

藥物分子的結(jié)合親和力預(yù)測 模擬藥物分子與靶標(biāo)蛋白的結(jié)合模式，預(yù)測藥物的結(jié)合親和力。
藥物穩(wěn)定性和動(dòng)力學(xué)特性分析 評(píng)估藥物分子在生理?xiàng)l件下的穩(wěn)定性和動(dòng)力學(xué)特性。
藥物篩選和優(yōu)化 篩選具有高親和力和選擇性的候選藥物，并優(yōu)化其結(jié)構(gòu)。
藥物-靶標(biāo)相互作用機(jī)制研究 揭示藥物與靶標(biāo)蛋白相互作用的分子機(jī)制。
藥物副作用和毒性預(yù)測 預(yù)測藥物可能的副作用和毒性，評(píng)估藥物的安全性。

案例分析

納米藥物自組裝的分子動(dòng)力學(xué)模擬研究 134 浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院的韓衛(wèi)東與王杭祥聯(lián)合研究了一種兩親性聚合物包裹的阿帕替尼（VEGFR2抑制劑）和SN38-聚乳酸納米顆粒，用于治療肝癌。通過分子動(dòng)力學(xué)模擬，在原子水平研究了納米藥物自組裝過程以及納米材料的穩(wěn)定性。研究發(fā)現(xiàn)，SN38與阿帕替尼通過π-π和氫鍵增加了兩者之間的相互作用，提高了阿帕替尼在體內(nèi)遞送時(shí)血液循環(huán)系統(tǒng)內(nèi)的穩(wěn)定性。
分子動(dòng)力學(xué)模擬在生物醫(yī)藥領(lǐng)域的應(yīng)用 135 2024年發(fā)表的綜述文章討論了分子動(dòng)力學(xué)模擬在生物醫(yī)藥領(lǐng)域的應(yīng)用，包括藥物分子的結(jié)合位點(diǎn)和親和力預(yù)測、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測、生物分子相互作用的模擬、疾病相關(guān)蛋白的動(dòng)態(tài)變化研究以及藥物設(shè)計(jì)和優(yōu)化。
分子動(dòng)力學(xué)模擬和機(jī)器學(xué)習(xí)結(jié)合在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域的應(yīng)用 136 文章探討了分子動(dòng)力學(xué)模擬（MD）和機(jī)器學(xué)習(xí)（ML）的結(jié)合如何為藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域帶來新的契機(jī)。MD用于研究靶標(biāo)和藥物之間相互作用的動(dòng)態(tài)過程，而ML則用于分析MD產(chǎn)生的海量結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)信息，提高模型對(duì)藥物體系熱力學(xué)和動(dòng)力學(xué)性質(zhì)的預(yù)測精度。
藥物輸送中的分子模擬 137 分子模擬作為藥物遞送制劑計(jì)算機(jī)設(shè)計(jì)的有前途的工具，可以在合成之前預(yù)測制劑的性質(zhì)，減少體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)的需要。文章綜述了分子模擬方法及其在藥物輸送中的應(yīng)用，特別強(qiáng)調(diào)了原子和粗粒度蒙特卡洛（MC）和分子動(dòng)力學(xué)（MD）方法的使用。