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微生物多樣性測序

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項目介紹

一、細菌的 16S rDNA 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對此序列通過PCR 擴增、測序，與 GenBank 中的已知序列進行比對后，則可判定細菌種類，將其劃分到屬或種。16srDNA (16SrRNA 為核糖體的 RNA 的一個亞基，16srDNA 就是編碼該亞基的基因)鑒定是指用利用細菌 16srDNA 序列測序的方法對細菌進行種屬鑒定。16srDNA 是細菌染色體上編碼 16srRNA 相對應的 DNA 序列，存在于所有細菌染色體基因中。 rRNA 指的是 rDNA 的轉錄產物，它是構成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的 rRNA 分子組裝而成，16S rRNA 是其中一個組件，一般所分析的對象都是 16s rDNA,因為 DNA 提取容易,也比較穩定。


二、真菌的 ITS 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對此序列通過擴增、測序，與GenBank 中的已知序列進行比對后，則可判定真菌種類，將其劃分到屬或種。

真菌鑒定 4 種基因標記：

1、ITS：內部轉錄間隔區（internal transcribed spacer of RNA Pol1），rRNA經翻譯后修飾移除部分，共兩個間隔區，包括5.8S 基因；

2、LSU：28S 核糖體大亞基（28S nuclear ribosomal large subunit rRNA）；

3、SSU：18S 核糖體小亞基 （18S nuclear ribosomal small subunit rRNA）；

4、RPB1：RNA 聚合酶 2 最大亞基（the largest subunit of RNA polymerase II），單拷貝，遺傳趨異慢。

內轉錄間隔區 ITS 由于不需要加入成熟核糖體，因此在進化過程中能夠承受更多的變異，屬于中度保守的區域，其保守性基本上表現為種內相對一致，種間差異比較明顯。這種特點使 ITS 適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內物種間或種內差異較明顯的菌群間的系統發育關系分析。


三、微生物多樣性測序（又稱擴增子測序）是利用二代測序平臺，對16S rDNA /ITS 功能基因等特定區段 PCR產物進行高通量測序，突破傳統微生物不可培養的缺點，獲得環境樣本中的微生物群落結構、進化關系以及微生物與環境相關性等信息。

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樣品要求

1.送檢的菌種樣品必須確保無致病性，并在無致病性欄中填寫無；有致病性的樣品我們只接受基因組DNA，樣品有致病性，導致污染和擴散，由提供方承擔相應后果；

2.若樣品為基因組DNA，DNA濃度>20ng/ul，體積大于20ul；如果是菌種，請送培養好的菌；

3.菌種不純會導致測序出現套峰，因此得不到鑒定結果，如遇這種情況，正常收費；

4.對于鑒定的菌株，我們不做備份及保留，請送檢之前做好保種工作，如有疑問請在收到結果7個工作日內聯系我們，過期我們會銷毀樣品，不予處理；

5.如樣品原因擴增不成功導致鑒定失敗，會取消該樣品的項目服務；若因用戶提供的樣品與需要鑒定的類型不符，導致實驗失敗，委托人需支付全部項目費用；

6.樣本處理時，需避免污染，且需要干冰寄送的樣本，請提前自行準備干冰。

項目案例

Alpha多樣性指數差異箱形圖

PCoA分析

NMDS分析

微生物多樣性測序

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